Вообщем ничего вроде страшного в замене datadir в mysql...
Я тоже так думал..но поменяв datadir в /etc/my.cnf меня ждал сюрприз..
Куча страшных слов в syslog и неработающий mysql...
Вообщем официальный сайт mysql приказал курить траву и ловить дзен...
Магические chmod -Rf 777 * не помогали,и когда я решил ,что буду ночевать в офисе, неожидано пришел ответ в виде демона apparmor...Вообщем весь трабл в нем...находим его настройки в папке /etc/apparmor.d , а там обнаруживаем
файлик-профайлик для mysql...Хм...Я так понял этот демон следит за тем,чтобы определенные приложения могли обращаться только к определенным папкам и судя по логу ошибок в syslog следит за этим на уровне ядра ... Меняем профайл для mysql перегружаем обоих и ....все работает....
p.s
Вкурив как он работает ,можно ж туда апач запихнуть, на случай если криворукие пхп-исты провтычат какую-то дырку у себя